KHexEdit reconnaît quelques arguments de la ligne de commande. Le lancement de KHexEdit utilise la syntaxe suivante :
khexedit <options> <fichiers>
Déplace le curseur dans le document courant de la valeur offset. Cette valeur peut être décimale ou hexadécimale. Une valeur hexadécimale est précédée du préfixe 0x (par ex, 0x100). Ce préfixe n'est pas nécessaire si la chaîne contient l'un des caractères hexadécimaux a..f, A..F.
Ce peut être un ou plusieurs fichiers. Vous pouvez utiliser les caractères joker (*, ?, etc.) si votre shell les supporte. Le nom du fichier peut être spécifié par "http://FQDN/chemin", "ftp://FQDN/chemin" ou "file:/chemin". Ce dernier fait référence à un fichier local et on peut utiliser simplement "chemin" à la place. FQDN sont les initiales de "Fully Qualified Domain Name" (nom de domaine complet et enregistré).